MDStudio资源管理器
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MDStudio·工作区·文件
力场跑完了却找不到 .ff、改过的 pack.inp 被一键重新生成盖掉、工作区「满了」无法上传——这些问题多半出在左侧资源管理器（工作区），而不是力场算法本身。
本文专讲工作区：界面结构、上传下载、文件夹、删除与清空、文件分组、选择方式，以及单击 / 双击各自会触发什么（含在「孤立分子」Tab 下单击 .mol 载入画板）。
一、工作区是什么？
可以把它想成浏览器里的当前项目文件夹：各 Tab 生成的结构、力场、pack.inp、simbox.xyz、data.lmp、in.lmp 与任务输出，默认都落在这里。换设备登录同一账号时，以产品实际同步策略为准；习惯上把最终输入下载备份到本机。
产品文案可能写「资源管理器」或「工作区」——二者指同一左侧面板。中间各 Tab 的文件下拉框、右侧 3D 预览，都会跟这里保持同步。
二、界面组成
自上而下大致分为四块：
| 区域 | 作用 |
|---|---|
| 上传区 | 拖放文件，或点击选择本地文件（可多选）；上传目标为当前所在目录 |
| 路径栏 | 显示 /（根目录）或 /文件夹名；进入子文件夹后会出现 |
| 文件列表 | 文件夹、文件、扩展名标签、大小；不同文件组之间用细线分隔 |
| 底部提示条 | 操作成功或失败时短暂显示 toast（约数秒后自动消失） |
在列表空白处或条目上右键，可打开上下文菜单；重命名、复制、移动、删除确认等会以浮动面板形式出现，不遮挡整页。
上传区下方有一行灰色说明，概括当前档位配额：单文件上传 20 MB（需 VIP）、工作区总容量 VIP 200 MB（免费 50 MB）、每目录最多 50 项。文本方面：双击预览上限 20 MB；在线编辑 / 保存另需 VIP，且可保存文件不超过 2 MB（2–20 MB 仅只读预览）。
三、文件夹与目录结构
工作区采用单层文件夹设计，便于在浏览器里管理，也避免路径过深：
| 规则 | 说明 |
|---|---|
根目录 / |
可同时放文件和子文件夹；仅在此处可「新建文件夹」 |
| 子文件夹内 | 只能放文件，不能再建子文件夹（不支持嵌套目录） |
| 路径深度 | 任意文件的路径最多为 文件夹/文件名，不会出现 a/b/c |
| 返回上级 | 进入子文件夹后，列表首行会出现 ..；双击 .. 回到根目录 |
| 文件夹名 | 不能含 /、\、. 开头等非法字符；不能与已有条目重名 |
单击文件夹：仅选中（高亮），不进入。双击文件夹（含普通文件夹与 ..）：进入该文件夹或返回上级。
子文件夹适合把「多组分配方」「某次试算的中间文件」与根目录默认流水线产物分开；各 Tab 的文件选择器会识别当前所在目录，只列出该目录下符合条件的文件。
四、上传
| 项 | 说明 |
|---|---|
| 权限 | 上传需要 VIP；免费档请用「孤立分子」画板生成结构，或走不依赖上传的主流程（见 MDStudio使用须知与限制） |
| 方式 | 把一个或多个文件拖入上传区，或点击上传区后多选文件 |
| 目标位置 | 上传到当前路径：在根目录则落根目录，在子文件夹则落该文件夹 |
| 同名文件 | 不会覆盖已有文件；同名项会被跳过，并在 toast 中说明 |
| 大小与配额 | 单文件不能超过上传上限；所有文件合计不能超过工作区总容量；当前目录条目数已满时，上传区会禁用并提示先删除 |
| 典型用途 | 本地改过的 pack.inp、simbox.xyz；LigParGen / ATB 的 .gro+.itp 或 .pdb+.itp；电荷续跑用的 .out；本机 Packmol 跑完回传的 simbox.xyz 等 |
上传完成后列表自动刷新；若上传的是可预览的结构文件，右侧 3D 可能自动切换到新文件。
五、下载
通过右键菜单中的下载项（文案会随选中状态变化）：
| 场景 | 行为 |
|---|---|
| 选中 1 个普通文件 | 浏览器直接下载该文件 |
| 选中 1 个文件夹 | 打包为 .zip 下载（含文件夹内全部内容） |
| 选中多个文件 / 文件夹 | 打包为 selection.zip |
| 未选中任何项，且在子文件夹内 | 打包下载当前文件夹全部内容（文件夹名.zip） |
| 未选中任何项，且在根目录 | 打包下载整个工作区（workspace.zip） |
建议至少备份：data.lmp、in.lmp、关键 .ff、装盒用的 simbox.xyz 或 *_ff.xyz，以及你手改过的 pack.inp。
六、删除与清空
| 操作 | 说明 |
|---|---|
| 删除单个文件 | 选中后点删除，立即执行（无二次确认） |
| 删除多项 | 选中多个文件或文件夹后删除，会弹出确认 |
| 清空当前范围 | 未选中任何项时，删除菜单变为「清空工作区」或「清空当前文件夹」；会删除该范围内全部内容（含隐藏文件），不可恢复，需确认 |
删除文件夹会连同其内文件一并移除。清理时优先删：失败任务的中间产物、重复 simbox、旧日志、不再需要的 *_pack.xyz。
删除 .cif 时，系统会顺带删除同目录下与之关联的隐藏结构缓存（.{cif名}.msx_cif_cache.mol2 / .json），避免留下孤儿文件。可见的 *_p1.cif、*_unwrap.cif 不会自动删，需自行处理。
七、重命名、复制、移动
以上操作均需先选中条目，且多数通过右键菜单触发。
重命名
- 每次只能重命名 1 项（文件或文件夹）。
- 对带扩展名的文件，输入框默认只选中主文件名（stem），扩展名保留，避免误改
.ff、.lmp等后缀。 - 不能与已有条目重名。
复制
- 每次只能复制 1 项。
- 默认新名为
原名_copy；若已存在则自动尝试原名_copy1、原名_copy2…… - 复制文件夹会在根目录生成新的同级文件夹（受根目录条目上限约束）。
移动
- 仅支持文件，不支持移动文件夹。
- 可选目标：工作区根目录
/，或与其他源文件共同的其它一级文件夹。 - 多选时，只有所有选中文件都能到达的目标才会出现在列表中。
八、文件分组与排序
列表不是按纯字母顺序简单排列，而是按流水线语义分组，方便一眼看出「同一分子」或「同一阶段」的文件。
视觉分隔
- 根目录：所有子文件夹排在最前；文件夹与文件之间有一条分隔线。
- 文件之间：每当「分组键」变化时，插入一条细分隔线（同一组内无分隔线）。
分组逻辑（概念）
-
按分子 / 流水线归组
系统会根据文件名剥掉常见后缀（如_ff.xyz、_pack.xyz、_trans.xyz、.am1-bcc.out等），把EtOH.mol、EtOH_ff.xyz、EtOH.ff等归到同一组 EtOH。LigParGen 的.gro与.itp也会按相同 stem 归组。 -
工作区级文件单独成组（排在分子组之后），内部再分子类：
– 装盒核心：pack.inp、simbox.xyz
– 脚本：run_packmol.sh、run_cp2k.sh、run_ambertools.sh等
– Lammps 输入：data.lmp、in.lmp、pair.lmp、in.test.lmp（组内按此顺序）
– 测试结果：result_thermo.log、result_atoms.xyz、轨迹文件等 -
组内顺序
同一分子组内，大致按流水线先后排列：结构源文件 → 电荷相关 →_ff.mol2/_ff.xyz→.ff→ 装盒坐标 → 其它输出。
分组只影响显示顺序，不改变磁盘上的文件名；在子文件夹内浏览时，仍按相同规则排序，但不再列出子文件夹。
九、选择方式
| 操作 | 效果 |
|---|---|
| 普通单击 | 清除其它选中，只选中当前行 |
| Ctrl / ⌘ + 单击 | 切换当前行选中状态，保留其它已选项（多选） |
| Shift + 单击 | 从上次锚点行到当前行，连续选中范围内所有文件行 |
| 右键 | 若点在未选中行上，会先选中该行，再打开菜单 |
| 点击列表外空白 | 清除全部选中 |
文件夹与 .. 也可被选中，用于打包下载或批量删除；但移动操作仅针对文件。
十、单击：预览与载入画板
单击文件（非文件夹）时，除选中高亮外，还会按扩展名与当前 Tab 触发联动：
| 文件类型 | 单击后 |
|---|---|
.mol（当前为 「孤立分子」 Tab） |
将该 .mol 载入 Ketcher 画板继续编辑；分子名会尽量取自文件名。这是把已有 mol 拉回画板的最快方式 |
.mol（其它 Tab） |
仅选中，不切换 Tab、不载入画板（避免在搭盒子、组分子等流程里误把结构拽进编辑器） |
.xyz、.mol2、.pdb、.zmat、.cif |
右侧 3D 预览切换到该文件（过大或格式不支持时可能失败，见使用须知）。.mol 在非「孤立分子」Tab 下也会参与 3D 预览联动 |
| 其它扩展名 | 仅选中，不打开预览或编辑器 |
注意： 只有在「孤立分子」Tab 时，单击 .mol 才会「送去画板」；与双击打开文本编辑器不同（见下一节）。结构预览与画板是两条路径：要看三维坐标用预览；要改二维拓扑先切到「孤立分子」再单击，或双击改 molfile 文本。
十一、双击：文本预览与编辑
双击文件行（文件夹除外）会打开基于 CodeMirror 6 的文本编辑器（对话框右下角可拖动调整大小；底部注明引擎版本与 MIT 许可）。适用 pack.inp、in.lmp、.ff、日志、脚本、molfile 等文本类文件。
11.1 免费 vs VIP
| 能力 | 免费 | VIP |
|---|---|---|
| 打开 / 预览 | ✅ 只读（≤ 20 MB） | ✅ |
| 修改正文 | ❌ 只读；提示「免费会员仅可预览…」 | ✅（文件 ≤ 2 MB） |
| 保存 / 另存为 | ❌ | ✅（≤ 2 MB）；Ctrl/⌘S、Ctrl/⌘⇧S |
| 查找 | ✅（只读浏览时也可用） | ✅ |
| 替换 / 全部替换 | ❌（只读时替换控件不可用） | ✅ |
文件 > 2 MB 且 ≤ 20 MB：即便 VIP 也以只读打开，不能保存。> 20 MB 或前 8 KB 含 NUL（按二进制处理）：无法以文本打开。
11.2 编辑器功能
| 项 | 说明 |
|---|---|
| 查找 | 工具栏「查找」框；Enter / Shift+Enter 下一处 / 上一处；Ctrl/⌘F 聚焦查找 |
| 查找选项 | Aa 区分大小写 · ab 全词 · .* 正则 |
| 替换 | 「替换为」+ 替换 / 全部（仅可编辑时） |
| 列选 | Option/Alt + 拖动 列选（十字光标） |
| 帮助 | 标题栏 ? 展开快捷键说明 |
| 关闭 | Esc；有未保存修改时会提示 |
资源管理器中单选条目后按 F2 重命名；Esc 也可关闭菜单 / 浮层。
双击会取消单击的选中手势，避免误触；因此 .mol 若要进画板：先切到「孤立分子」再单击；若要查看 molfile 文本用双击（任意 Tab 均可；免费只读，改文本需 VIP）。
十二、右键菜单一览
在文件列表内右键，菜单项随选中状态变化，常见包括：
| 菜单项 | 条件 / 说明 |
|---|---|
| 刷新 | 始终可用；任务结束后若未见新文件可手动刷新 |
| 新建文件夹 | 仅在根目录且未达条目上限时 |
| 重命名 / 复制 | 恰好选中 1 项 |
| 下载 | 见第五节 |
| 移动 | 选中至少 1 个文件，且未选文件夹 |
| 删除 | 有选中则删选中项；无选中则变为清空当前范围 |
| 清空工作区 / 清空当前文件夹 | 当前目录非空且未选中项时出现 |
列表滚动时菜单会自动关闭。
十三、与各 Tab 的联动
工作区不是孤立文件柜，而是整条流水线的枢纽：
- 切换 Tab 时，各功能页里的文件下拉框会带上当前
dir参数，只显示当前文件夹内符合条件的文件（例如装盒只列含.ff引用的物种坐标）。 - 生成新文件（力场、装盒、测试等）后，列表会刷新；结构类输出常会自动聚焦到右侧 3D。
- 孤立分子保存
.mol、周期分子导出.cif等，都会直接写入当前工作区路径。 - 重量级任务进行时，对应 Tab 内仍有实时任务日志；部分任务还会在 workspace 留下
packmol.log、result_thermo.log等文件，可在工作区双击查看，或按分组落在「测试结果」一组。
十四、手改 pack.inp 再回传
这是上传 + 编辑的组合用法，也是资源管理器最高频场景之一。在线保存与上传回传均需 VIP；免费档可双击只读预览 pack.inp，或用搭建盒子表单重新生成。
重要： 「搭建盒子」里运行 Packmol 时，始终读取当前目录下的 pack.inp，Tab 内没有「另选其它 .inp」的入口。因此手改结果必须最终仍落在名为 pack.inp 的文件上。
推荐流程（VIP）：
- 在「搭建盒子」生成一版
pack.inp，必要时先下载备份。 - 在线改： 双击
pack.inp，用编辑器改分子数 / 边长 / 约束后保存。
本地改： 下载到本机修改；改完后需回传（上传需 VIP）。 - 本地改完回传：上传不会覆盖同名文件，应先删除工作区里的旧
pack.inp，再上传改好的同名文件。
若曾另存为其它文件名（如pack_custom.inp），请再重命名回pack.inp，否则 Packmol 仍会读原来的pack.inp。 - 系统若检测到
pack.inp曾被手改，装盒 Tab 会提示「已手动编辑」；重新点「生成 Packmol 输入」前需勾选确认覆盖。也可跳过重新生成，直接点 ② 使用当前pack.inp跑 Packmol。 - 在线保存
pack.inp后，上述提示状态会同步更新。
更大、更定制的改法见 MDStudio搭建盒子。
十五、空间与条目不够时
- 删：中间产物、失败半成品、重复日志、旧
*_pack.xyz。 - 下：把要留存的
data.lmp、in.lmp、.ff等下载到本机。 - 清：确认无需保留后，用「清空工作区」一次性释放空间（含隐藏文件）。
- 对照限额：上传单文件 20 MB（VIP）；工作区 VIP 200 MB / 免费 50 MB；文本预览 20 MB；在线保存 VIP 且 ≤ 2 MB；每目录 50 项。
Tips： 列表中不显示以
.开头的隐藏文件。它们不计入每目录条目上限与工作区容量配额；普通删除选不中它们，但「清空」会一并删掉。若条目数触顶，需删可见文件（或清空）后才能继续上传或新建文件夹。
小结
- 工作区即当前项目目录；根目录可建一层子文件夹；
..与文件夹双击进入，单击只选中。 - 上传需 VIP，支持多文件，不覆盖同名；下载支持单文件、多选 zip、整夹或整区打包。
- 文件按分子 / 流水线分组排序；仅在「孤立分子」Tab 单击
.mol才载入画板；单击结构文件开 3D，双击开 CodeMirror 文本编辑器。 - 免费可只读预览文本（≤20 MB）；编辑 / 保存 / 另存为需 VIP（可保存 ≤2 MB）。编辑器支持查找（Aa / 全词 / 正则）、替换、Alt 列选与窗口缩放。
- 与各 Tab 文件选择器、右侧预览联动；手改
pack.inp后须仍名为pack.inp；在线保存与上传回传均需 VIP。 - 配额：上传 20 MB（VIP）· 工作区 50 / 200 MB（免费 / VIP）· 预览 20 MB · 保存 2 MB · 每目录 50 项。
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