从模拟到论文图的工作流

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论文里那一张 RDF、一条 MSD 曲线，背后往往不是「跑完顺手画一下」——而是从 建结构 → 集群跑 Lammps → 读轨迹 → 算指标 → Matplotlib 出 PDF →（可选）版式与组合 → Overleaf 排版 → 补充材料 一整条链。中间任何一环没记下来，Methods 写不清、图对不上数、审稿人一问复现就卡壳。

本文把 MolSimulX 里分散在多篇教程里的步骤按时间串成一条线，并给你分阶段检查清单。单点技能请跳转到对应专题；这里管「先干啥、后干啥、交稿前对啥」。

学完能带走：六阶段路线图（建模 → 跑模拟 → 分析 → 绘图 → 排版 → 投稿）和每步该落在哪个文件夹、交稿前该对哪几条——卡在某一步就跳文内链接，回来继续勾清单。目录规范见 科研项目目录结构规范；大文件和 runlog 见 数据管理与备份；排版细节不在这里展开，见 LaTeX与Overleaf简明教程。

阶段 姊妹篇（单点技能）
跑 Lammps 集群与SLURM简明教程
轨迹分析 MDAnalysis轨迹分析入门
出 PDF 图 NumPy与Matplotlib简明教程

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